La maintenance d'un diffractomètre à rayons X exige un contrôle environnemental rigoureux (température, humidité), un entretien régulier du système de refroidissement et du tube à rayons X. Le dépannage consiste notamment à résoudre les problèmes de démarrage haute tension, de fonctionnement de l'obturateur, d'erreurs du goniomètre et d'alarmes liées au refroidissement afin de garantir la stabilité de l'instrument et la précision des données.